4.0 编码能力鉴定

参考文章：

http://rna-cpat.sourceforge.net/
http://blog.biochen.com/
https://github.com/www-bioinfo-org/CNCI
https://cloud.tencent.com/developer/article/1556481

CPAT

官网下载安装包，同时须下载模型（在官网How to choose cutoff目录下查找)。仅有人和动物模型，也可准备训练集构建自己物种的模型。速度快。

2020-09-25.png

cpat.py -g CK69class.fa -o CK69cpat -d ~/Biosoft/Human_logitModel.RData -x ~/Biosoft/Human_Hexamer.tsv
#生成4个文件，其中CK69cpat 当作txt文件后续使用
awk '{if ($6 <=0.364) print $0}' CK69cpat > CK69cpat.txt
#0.364为人类模型标准
#TEST: awk 'NR==FNR{a[$1]=$1} NR>FNR {if($1 in a){print $0}}' T69cpat.txt CK69cpat.txt > 69result.txt 重合1900

CNCI

2020-09-25 (1).png

git clone git@github.com:www-bioinfo-org/CNCI.git
cd CNCI
unzip libsvm-3.0.zip
cd libsvm-3.0
make
#或者在github下载安装包解压
#运行：
python CNCI.py \
-f ~/4_stringtie/T69class.fa \
-o ~/4_stringtie/CNCI/T69\
-m P \
-p 8 & \ #慢，放到后台运行

筛选非编码RNA
awk '{if ($3 =="noncoding") print $0}' CNCI.index > ~/4_stringtie/T69cncinc.txt

CPC

在线运行，保留task ID，筛选非编码：

awk '{if ($3 =="noncoding") print $0}' T18cpc.txt > T18cpcnc.txt

样品三平台结果取交集-Venn图
四样品结果取交集-Venn图
venn图网站：

http://www.sci666.com/11768.html
http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl