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1.示例数据
在公众号回复：dexp.csv，获得示例数据。
示例数据和学习内容来自基因课。
读取数据：
dexp <- read.csv("dexp.csv",row.names = 1)#设置第一列为行名
示例数据：40个基因，每个基因9个重复，加上这9个重复各自的观测值，以及每个基因的长度。
2.作图
library(ggplot2)
p<-ggplot(data = dexp, aes(x = Gene, y = Expression))
pp <-p+geom_point(aes(color = Sample))
3.主题设置
（1）局部设置-单次操作一张图
part <- pp + theme_bw()
（2）全局设置-操作后面所有的图
theme_set(theme_bw())
4.主题的选择
适合做科研的：theme_bw
9个内置主题的对比
（这里使用了scales的labs参数来设置图片标题）
theme_gray<- pp + theme_gray() +
labs(title = "gray")
theme_grey <- pp + theme_grey() +
labs(title = "grey")
theme_bw <- pp + theme_bw() +
labs(title = "bw")
theme_classic <- pp + theme_classic() +
labs(title = "classic")
theme_dark <- pp + theme_dark() +
labs(title = "dark")
theme_light <- pp + theme_light() +
labs(title = "light")
theme_linedraw <- pp + theme_linedraw() +
labs(title = "linedraw")
theme_minimal <- pp + theme_minimal() +
labs(title = "minimal")
theme_void <- pp + theme_void() +
labs(title = "void")
grid.arrange(theme_gray,theme_grey,theme_bw,theme_classic,theme_dark,theme_light,theme_linedraw,theme_minimal,theme_void)
9种主题的对比
这里内置的主题风格多样，接下来介绍如何自己给主题动刀。
5.私人定制
还是以图片pp为例，介绍可以动刀的地方：
（1）标题（名称）-title
标题内容用scales修改，这里主要讲格式的变化
- 图片标题plot.title
- 坐标轴标题（名称）axis.title
上文生成的pp是没有标题的，用标度设置的简单方法加上标题。
bioinfoplanet <- pp + labs(title = "bioinfoplanet")
默认左对齐
设置水平对齐方式用hjust参数，0表示左对齐，0.5居中，1右对齐。顺便把字号调大,设置斜体的代码一起写出。
bioinfoplanet <- bioinfoplanet +
theme(plot.title = element_text(size = 20, hjust = 0.5,face="italic"))
需要修改坐标轴名称（标题）的话，将代码中的plot.title改为axis.title，axis.title.x，axis.title.y。
bioinfoplanet <- bioinfoplanet+
theme(axis.title=element_text(face="italic"))
总结一下：能修改的文本格式有:
- 水平对齐方式 hjust 0 0.5 1分别表示左对齐/右对齐/居中
- 垂直对齐方式 vjust 0 0.5 1分别表示上对齐/下对齐/居中
- 字号 size
- 倾斜 face ="italic"
这里的h和v是horizontal和vertical的意思。
之前的教程图种有的x轴坐标密集，出现倾轧重叠，解决办法是设置x轴坐标的倾斜角度,并设置上下居中。👇
bioinfoplanet <- bioinfoplanet+
theme(axis.title.x=element_text(face="italic"),
axis.text.x = element_text(angle=50,vjust = 0.5))
（2）图例的位置
bioinfoplanet <- bioinfoplanet+
theme(legend.position = c(0.95,0.75), #设置水平和垂直位置
legend.background = element_rect(fill="white"))
注意：这个调整位置是把图例加入到了图片上，不是和默认的一样并列在图片右边了。
ps：我的搞笑日常
刚才设置了一下背景为白色，没有看到变化，手贱改成红色，于是尴尬了
bioinfoplanet <- bioinfoplanet+
theme(plot.background = element_rect(fill="red"))
做出了shi一样的图
放弃治疗啦,其实我想改那个灰色的背景。。。还是直接设置theme_bw好了。
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