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Slurm使用 | salloc 交互式开展计算任务

Slurm使用 | salloc 交互式开展计算任务

作者: 生信石头 | 来源:发表于2022-10-13 15:57 被阅读0次

一般,我们要求用户使用「sbatch」命令挂计算任务,比如要组装一个基因组?或者其他。这个时候就需要写一个任务提交脚本。大体类似



但编写这样的脚本,很多人可能不乐意,或者总觉得非常麻烦,尽管,我们可用通过修改模板来完成。
快速解决办法有一个,那就是使用「salloc」命令,通过先拿到分配的计算资源,然后登录计算节点,执行计算任务。具体给个示例。

单线程

注意到,这个默认是分配 1 个线程

salloc -vv

从执行结果可以看出,我们分配到「sapindus-0-3」节点,此时,「ssh」登录上去即可

ssh sapindus-0-3

随后,按照单机服务器执行任务即可。需要注意的是,少数路径和环境需要自己看看如何操作,比如 conda 环境要 activate 等。
非常重要!!!
任务跑完了,要及时释放计算资源。具体如下,直接执行,
exit

退出当前登录的计算节点,返回到主节点(当然不退出也不是不行)。随后查看对应任务

squeue

可以看到我们 salloc 对应的任务,sapindus-0-3 节点上的 1 个线程的任务,用完了,一定要及时 scancel 掉

scancel 35693

就这样,计算资源就被释放了。
对大家只有一个要求,不要瞎搞,「salloc」模式主要是为了方便,没有良好释放资源的习惯,还是用「sbatch」。

多线程

比如我预计我在接下来要执行的几个任务里面最高用到10个线程。

# 其他参数,参考 salloc -h ,自定指定,其实跟 sbatch 类似的
salloc -n 10 

在强调一遍,对大家只有一个要求,不要瞎搞,「salloc」模式主要是为了方便,没有良好释放资源的习惯,还是用「sbatch」。

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