本地blast（2018-06-02）

将bedtools获得的gene.fa文件用blast与其比较相近的物种进行比对。

1 下载有关的物种rna信息
比如（下同）：Glycine max

 wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Glycine_max/RNA/rna.fa.gz

cicer arietinum;
Medicago truncatula;
vitis japonicus;
Homo sapiens;
Citrus sinensis;
Theobroma cacao;
Zea mays；

2 下载安装blast
（见软件安装）

3 Blast+建库

 makeblastdb -in  db_rna.fa -input_type fasta -dbtype nucl -title db_rna -parse_seqids

4 blastn使用

blastn -query AER314_4_gene.fa -db db_rna.fa -out db_blast  -evalue 1e-5 -num_threads 1

参考命令：

 makeblastdb -in TECRL-genome -dbtype nucl

 blastn -query region -db TECRL-genome -outfmt '6 staxids qseqid sseqid pident length mismathch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs' -evalue 1e-10 -max_target_seqs 1 -out region.nt.txt -num_threads 10

结果图

image.png

blastn -query AER314_4_gene.fa -db db_rna.fa -out db_blast2  -evalue 1e-10 -num_threads 1

结果图

image.png

好像没什么差别

结果查看不方便

使用blastn
命令如下：

  blastn -query AER314_4_gene.fa -db db_rna.fa -out db_blast3  -outfmt 7 -evalue 1e-10 -num_threads 4

结果是一张表格：

blast比对最终结果.png