在上期内容中，我们简要介绍了扩增子新版分析流程，升级后的分析内容包含十大模块，120+分析内容，下面一起来看看具体的升级细节吧！
01、差异分析
基于样本分组，通过多种方法识别组间差异物种，升级前的差异分析结果中通常只包含lefse分析、anova方差分析和wilcoxon秩和检验结果，展示方式稍显单一。
升级后的扩增子分析流程分别对门（Phylum）、纲（Class）、目（Order）、科（Family）、属（Genus）、种（Species）水平进行差异分析。更提供了组间差异热图、组间差异气泡图的展示方式。此外在组间物种丰度差异分析的基础上进行深入分析，分别在门、纲、目、科、属和种水平比较研究样本中top10物种相对丰度的组间差异。不止这些，报告中还提供了三元图，三元图是展示可视化三组（种）处理下共有特征值的分布情况，在文献中出现的频率也比较高。
组间差异热图
组间差异气泡图
Top10门水平物种相对丰度组间差异
三元图
02、环境因子分析
在微生物群落研究中，通常都希望知道微生物群落变化是会受到哪些因素的影响，在这些因素中，哪些因素是主要的影响因素？那么势必要用到环境因子分析，常用的环境因子可以是土壤研究中的pH值、酸碱度、植物的生理指标、疾病研究中临床理化因子等。根据测定的微生物群落数据，与其配套的相同样本的环境因子数据进行关联分析，评估微生物群落变化与环境因子差异的关系，并识别潜在的驱动微生物群落变化的关键环境因子。
CCA/RDA分析
普氏分析
主要物种与环境因子相关性热图 ；
环境因子与微生物组成的排序回归分析
新增内容还包括随机森林、功能预测和网络分析等内容，欢迎继续锁定凌恩生物公众号，我们下期见！
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