1.Rstudio调节字体
Toolsglobal optionsAppearanceFont size
2.Rstudio创建新的工作目录
New projectExisting DirectoryBrowsecreat projectgetwd('')查看是否已转到该目录
3.Rstudio创建新的脚本
fileNew fileR.scriptctrl+s命名
4.Rstudio导入数据
(1)通过对话框导入
import Datasetfrom Text(base)选中文件open改名heading(Yes)Encoding(Automatic)有中文字符则选UTF-8Row name(use first column)import
(2)通过代码导入
gene_exp <- read.delim("path/to/the/file", row.name=1)
5.保存数据
(1)以制表符格式保存(适用于linux系统打开)
write.table(sample_cor, file = 'sample_cor.csv')
sample_cor是要保存数据的向量名,file = 'sample_cor.csv'是保存的文件名。保存的路径就是工作目录。
(2)以excel表格格式保存(适用于windows系统打开)
write.csv(sampl_cor file = 'sample_cor.csv')
6.结果可视化
(1)导入数据
使用前面的两种方法中的任意一种导入数据。
(2)计算样样本相关性
gene_cor <- cor(gene_exp)
(3)进行可视化
install.packages("pheatmap") library(pheatmap) pheatmap(gene_cor)
7.安装zip格式的软件包
有时在Rstudio里会出现命令安装软件包不成功的情况,若是可以找到该包的压缩文件(zip或tar.gz),可采取下面的方式安装
Rstudio Tools install.packages install from package Archive File package Archive
写在最后:
网友评论