library(reticulate)
######加载python模块######
sc <- import("scanpy")
pd <- import("pandas")
adata = sc$read('./matrix.h5ad') ###载入scanpy输出的h5ad文件
#######导出基因名和样本信息################
meta = adata$obs
gene <- adata$var
#############导出矩阵并转置，scanpy和Seurat的行列是反的#############
adata2 = adata$X
adata2 = adata2$T
adata2@Dimnames[[1]] = rownames(gene)
adata2@Dimnames[[2]] = rownames(meta)
merge <- CreateSeuratObject(adata2)
merge <- AddMetaData(merge, meta)
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目录 R语言第二章数据处理①选择列 R语言第二章数据处理②选择行 R语言第二章数据处理③删除重复数据 ======...
目录 R语言第二章数据处理①选择列 R语言第二章数据处理②选择行 R语言第二章数据处理③删除重复数据 R语言第二章...
本文标题：R调用reticulate处理数据
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