conda-安装R包

最近想要用conda来进行R包的安装和环境管理，搜索了一下发现可以用yaml文件进行管理。

以下安装一些常规差异分析所用的R包进行演示。

使用YAML文件创建conda环境

创建 r_de.yaml ，并在其中输入环境的名字、安装包的channels和需要的包

name: r-de
channels:
        - conda-forge
        - bioconda
dependencies:
        - r-base=4.1
        - r-tidyverse
        - r-dendextend
        - r-optparse
        - r-ggrepel
        - bioconductor-deseq2
        - bioconductor-edger
        - bioconductor-limma
        - bioconductor-complexheatmap
        - bioconductor-rtracklayer

要装的R包可以在conda上搜索： https://anaconda.org/search?q=DESeq2

如果想要安装Github上的R包，需要自己手动在conda创建这个安装包 (要有一个conda的账号)

conda skeleton cran <github_url>

conda build --R=<my_r_version> r-<lower-case-package-name>

conda install -c <my_user_name> <my_package>

https://stackoverflow.com/questions/52061664/install-r-package-from-github-using-conda

创建环境

conda env create -f r_de.yaml

输入命令后，conda就会安装相应的包和它们依赖的包。

测试

安装好后，激活环境并进入R加载相应包试试看

conda activate r_de

In R command

library(tidyverse)

── Attaching packages ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────── tidyverse 1.3.1 ──
✔ ggplot2 3.3.6     ✔ purrr   0.3.4
✔ tibble  3.1.7     ✔ dplyr   1.0.9
✔ tidyr   1.2.0     ✔ stringr 1.4.0
✔ readr   2.1.2     ✔ forcats 0.5.1
── Conflicts ────────────────────────────────────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()

ref

https://stackoverflow.com/questions/60755957/install-r-packages-using-conda-via-an-environment-yml-file

https://anaconda.org/search?q=ggrepel

https://blog.csdn.net/ft_sunshine/article/details/92215164