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JupyterLab中新建一个seruat分析环境

JupyterLab中新建一个seruat分析环境

作者: siyao41 | 来源:发表于2023-09-01 19:01 被阅读0次
  1. 默认已经安装conda,新建一个环境,名字叫seurat

    conda create -n seurat
    
  2. 进入环境

    source activate seurat
    
    
  3. 安装seurat

    conda install -c conda-forge r-seurat
    
    
  4. 将这个环境加入jupyterLab, 为新的内核起个名字seurat

    conda install -c conda-forge r-irkernel
    conda install -c anaconda jupyter_client
    cd R
    # 进入R环境
    > IRkernel::installspec(name = 'seurat', displayname = 'Seurat')
    
    
  5. 添加成功,可在jupyterlab中选择相应内核。

此方法也可以应用到添加其他R的内核

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