在线分析|在线做随机森林分析

随机森林

哈喽，今天小编给大家介绍的是TUTU（https://www.cloudtutu.com/）网站上新添的randomforest2分析，即随机森林模型分析。目前平台上有两个随机森林的分析，如下图，小伙伴们可根据自己的需求选择对应的工具。

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随机森林（Random forest）

随机森林（Random forest）是利用多棵决策树对样本进行训练并预测的一种分类器。独木不成林，随机森林可以弥补单个决策树泛化能力弱的问题。在机器学习中，随机森林作为一个包含多个决策树的分类器， 其输出的类别是由个别树输出的类别的众数而定的。一般来说，随机森林中任意两棵决策树的相关性越大，错误率越大；每棵决策树的分类能力越强，整个森林的错误率越低，它可以分析高维度数据，并且不用做特征选择，是模型预测的利器。

应用举例：

通过应用随机森林建模（分类程序），我们基于不同的预测变量预测了所有 39 种植物物种的空间共现模式（即聚合或分离），包括物种- 植物之间整体根相关真菌 OTU 的相对丰度 (RA)、系统发育 (PL)、功能性状 (FT)、丰富度 (RICH) 和群落组成 (COMM) 的水平差异，以及截断值为 0.5 和 0.9 时共享（或独特）核心根相关真菌 OTU 的修正相对丰度 (MRA) 谱。（Root-associated fungal community reflects host spatial co-occurrence patterns in a subtropical forest）

注意事项

以下还是关于网站使用的一些注意事项：

1.绘图免费：网站绘图是免费的，免费的，免费的，重要的话说三遍。网址是：https://www.cloudtutu.com/，一般用谷歌或者火狐浏览器登录，输入验证码即可登录成功并使用，遇到网络不好的情况，也可以换下其他浏览器。

2.工具查找：在“微生物分析”一栏，所有的工具都在里面，没有找到相应工具的小伙伴可能需要耐心往下翻翻，一般新上的工具会排在前面。

3.使用说明：有用户反映上传数据上传不上去，这种情况一般是因为文件格式或者内容里有不识别的字符，与示例数据形式相左或者文件数据量太大了，需要时间上传。每个工具右侧有“帮助文档”一栏，使用较多的部分工具也新增了“常见问题”，小伙伴使用时请务必按照这两个说明进行操作，不然可能会出现上传不成功甚至画不出来的情况。

4.问题反馈：如果有画图的问题解决不了，或者有一些画图需求，改进建议等等，可以联系“小图”，小图的二维码贴在页面右侧，一眼就可以看到。

5.其他****：TUTU网站上的绘图工具可以处理一般数据量的文件，但是如果数据太大（比如十几兆或者几十兆的数据），有些工具是画不出来的（如零模型、RC指数等等）...毕竟资源有限，还请各位客官见谅

使用方法

1 TUTU网站登录

①登录网址：www.cloudtutu.com（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（已经为大家填好了），输入验证码后即可登录；
③登录后在“微生物分析”那一栏找到randomforest2，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。

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2 上传文件

※※※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传，最好传txt文本文件！
※※※请您务必按照示例数据的格式调整数据！上传文件中不可带有：中文、中文字符、空格、重复名称等！！！
a）准备2个数据文件(形式参照示例数据，如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵等等)；
b）文件1：OTU表，表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU等；文件2：TAX表：表格需要带表头和列名，文件1中otu对应的分类水平；
c）请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

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3 参数设置

3.1 在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)

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3.2 分类水平选择：按需自行设置

4 下载文件

点击“运行”开始作图，点击“下载”保存结果文件。PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

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5 作图后处理

TUTU云平台提供的是PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。