更新AnnotationHub对应数据库

最近在使用AnnotationHub下载Orgdb数据时遇到了一个问题，使用模块更新数据后发现日期停留在了2018年，数据没有更新。现在很多分析依赖数据库数据，如果不更新，分析结果的全面性以及准确度都会大大降低。这次在更新数据库的过程中发现了一些问题，和大家分享一下。

第一次尝试：更新数据库

为了更新数据库，首先想到的直接删除原有的数据库之后下载新的数据

cd ~/.AnnotationHub
rm *

在有数据库文件的时候会直接使用已下载的数据，所以这里先删除了之前下载的数据，然后下载数据库，结果更新失败，数据库没有更新。

> library('AnnotationHub')
> ah <- AnnotationHub()
  |======================================================================| 100%

snapshotDate(): 2018-10-24

第二次尝试：更新包

直接更新数据库不行，那更新包总可以了吧，最新的包应该会支持更新后的数据库。

update.packages('AnnotationHub')

想法太天真，更新之后重新下载数据，依然没有更新，去查了最新的AnnotationHub模块，发现了下载的数据库时间和R版本更新的时间基本一致

R-version

第三次尝试：更新R

这样看或许可以通过更新R的版本来实现数据库的更新。在安装完4.1版本的R之后，重新安装AnnotationHub包并且下载数据，数据库的更新时间为2021，成功。

> library('AnnotationHub')
> ah <- AnnotationHub()
  |======================================================================| 100%

snapshotDate(): 2021-05-18

在AnnotationHub的介绍中，提到了该模块依赖其他的模块，具体如下

AnnotationHub

在不更新R的情况下，可以考虑更新一下其他的依赖包，或许可以实现数据库的更新，因为依赖的包很大，我没有下载，大家可以试一下。如果有更好的办法，可以留言分享。

参考资料

1. https://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/AnnotationHub/man/AnnotationHub.pdf

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