收集 | 生信常用数据库(待更新)

作者: 溪溪溪溪溪川 | 来源:发表于2019-03-19 11:28 被阅读52次

    注意
    数据库的更新及版本对应使用

    NCBI系列:

    NCBI db:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db
    NCBI genomes:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/
    Nr:NCBI官方非冗余蛋白数据库,包括PDB, Swiss-Prot, PIR, PRF; 如果要用DNA序列,就是nt库。
    注意:构建nr或者nt数据库的子库(如植物),参考生信技能树,百迈克基因的Nt/nr数据库拆分

    基因家族和组学系列:

    Pfam: 蛋白结构域注释的分类系统
    swiss-prot: 经过注释的蛋白质序列数据库,蛋白序列得到实验的验证,由欧洲生物信息学研究所(EBI)维护。
    Interpro:通过蛋白质结构域和功能位点数据库预测蛋白质功能。是EBI开发的一个集成了蛋白质家族、结构域和功能位点的非冗余数据库。Interproscan整合了一些使用最普及的一些数据库,并应用于功能未知的蛋白进行Interpro注释和GO注释。
    KEGG: 代谢通路注释数据库。
    GO: 基因本体论注释数据库。

    生信交流论坛

    中文:
    生信技能树、CSDN、博客园、简书等。

    英文:
    github:生信软件下载或者向作者提问,参看issuse。
    sourceforge:相当于一个仓库,部分生信软件下载。
    Biostars:专注于生物信息类的问答。支持关键字搜索,遇到问题先搜索答案,最好不要直接就发帖询问,因为很多问题已经有详细的答案了。使用参看公众号:基因学苑:生物信息神奇网站系列(四):Biostars
    seqanswers:是最早的生物信息论坛。使用参看公众号:基因学苑生物信息神奇网站系列(三):Seqanswers

    常见物种数据库

    拟南芥:TAIR:https://www.arabidopsis.org/
    水稻:RICE:http://rice.plantbiology.msu.edu/
    茄科:Sol genomic Network:https://solgenomics.net/
    番茄:TGRC(Tomato Genetic Resoure Center):https://tgrc.ucdavis.edu/
    葫芦科:CuGenDB:http://cucurbitgenomics.org/
    葡萄:Grape 12X:http://www.genoscope.cns.fr/externe/GenomeBrowser/Vitis/
    Grape Genome:http://genomes.cribi.unipd.it/grape/index.php
    玉米:Maize:https://www.maizegdb.org/
    柑橘:Citrus sinensis:http://citrus.hzau.edu.cn/orange/index.php

    植物多物种数据库

    Phytozome12:https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html(需要注册账号才能使用)
    Ensemblplants:http://plants.ensembl.org/index.html
    Plant Genome Duplication Database:http://chibba.agtec.uga.edu/duplication/index/locus
    植物转录因子数据库:http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/

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