FASTQ格式-摘录

作者: 提提_TI | 来源:发表于2019-08-26 10:11 被阅读0次

FASTQ格式-摘录
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文章摘自微信公众号基因学苑，感谢原作者。

fastp -i SRR8651554_1.fastq.gz -I SRR8651554_2.fastq.gz -o clean.1.fq.gz -O clean.2.fq.gz -z 4 -q 20 -u 40 -n 10 -f 15 -t 15 -F 15 -T 15 -h fastp.html

#建立索引

bwa index -a is ref.fna

#bwa比对

bwa mem -t 4 R '@RG\tID:A1\tPL:illumina\tSM:MTB' ref.fna clean.1.fq.gz clean.2.fq.gz >A1.sam

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