（1）以超过复议期限为由驳回了复议请求属于“未实质审理过”的复议不作为情形，如果就罚款5万元的处罚决定不服，被告为市生态环境局;如果就市政府复议不作为不服起诉，被告为市政府。本题当事人已经作出了选择，就市政府复议不作为起诉，并不属于告错了的情况，A选项错误，也不属于告漏了的情况，不需要追加共同被告，D选项错误。
（2）《行政诉讼法》第18条第1款规定：“行政案件由最初作出行政行为的行政机关所在地人民法院管辖。经复议的案件，也可以由复议机关所在地人民法院管辖。”只要经过复议，不管复议维持还是改变，管辖法院就有原机关所在地和复议机关所在地两个地方。考生常常询问，复议不作为是否属于经过复议？进而可否满足多重地域管辖的适用条件？“经过行政复议”，是指原行政行为的合法性经过复议程序的实体审查。而复议不作为的含义恰恰是经过复议的反面，复议不作为的本质是“未经实质审理过”。此时，不管复议机关决定不予受理，还是逾期不作复议决定，原行政行为没有经过复议程序的实体审查，所以，复议不作为不满足多重地域管辖的适用条件。只能按照最普通的“原告就被告”确定地域管辖，如果当事人诉原行为，就在原机关所在地法院管辖;如果当事人诉复议机关复议不作为，就在复议机关所在地法院管辖。本案中，化工厂以市政府为被告提起了行政诉讼，地域管辖就只能是被告所在地，也就是市政府所在地法院，而原机关市生态环境局所在地的法院对于本案并没有管辖权。所以，B选项错误。
（3）本案被告是复议机关市政府，行政诉讼制度中，被告应当对被诉行政行为合法性承担举证责任，所以，市政府应当对于被诉行政行为（复议不作为）的合法性承担举证责任，所以，C选项正确。
综上，本题答案为C。
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