Binning 分箱

1. 什么是Binning?

• Binning的含义是分箱、聚类，指从微生物群体序列中将不同个体的序列（reads或contigs等）分离开来的过程。简单来说就是把宏基因组数据中来自同一菌株的序列聚到一起，得到一个菌株的基因组。是的，可以达到菌株水平。

2. Binging 应用

• 关联分析：即通过binning得到的bins（暂且简称为bins，更确切的说是strain-level clusters 或strain-level taxonomic units）可以进行宏基因组关联分析以及多组学联合分析，将特定功能代谢产物与特定物种、特定基因进行关联研究，推动其因果机制的探究，为疾病监控、环境监测提供了菌株水平的生物靶标。
• 单菌组装：通过对binning得到的bins进行后续组装，可以得到很多不能在实验室里培养的细菌、古菌、病毒的基因组草图，然后根据单菌组装结果进行菌株水平的基因和功能注释、比较基因组分析、进化分析等，使我们得以洞察这些无法在实验室培养获得的菌株的生态适应机制，营养互作机制和新陈代谢功能等，可以研究在生态环境和复杂疾病中起重要作用的菌种以及致病菌和宿主的互作机制及其微进化机制。

3. 同一菌株如何聚在一起？

• 核苷酸组成，基因丰度变化

4. binning 分类
   1. reads binning
      • 可以聚类出宏基因组中丰度非常低的物种
   2. gene binning
      • metagenomic linkage groups ( MLG )
      • metagenomic clusters ( MGC )
      • metagenomic species ( MGS )
      • metagenomic operational taxonomic units ( MetaOTUs )
   3. contig binning

1. 宏基因组高分文章神器：contig binning

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