[GATK] gatk-bundle 数据下载

作者: Silver_42ac | 来源:发表于2022-12-12 10:57 被阅读0次

[GATK] gatk-bundle 数据下载
通过lftp命令下载GATK官网Resource bundle数
RNAseq相关
安装GATK4
GATK bundle 数据下载
Day 9_2 ESCC WES实战
如何下载生物数据（三）：GATK数据下载
群体遗传学一-SNP calling
生信Java软件安装
2 下载GATK需要的参考基因组文件

lftp ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/
# 空密码
# pwd 查看ftp路径
# lpwd 查看当前work目录，
# /data/database/GATK_bundle/
# 整个目录镜像下载
# mirror -R hg38  work目录(下载的目录)
mirror hg38/
# 或者单文件指定下载
cd hg38
get -O /data/database/GATK_bundle/hg38 Homo_sapiens_assembly38.fasta.gz
# 退出
exit

[GATK] gatk-bundle 数据下载
通过lftp命令下载GATK官网Resource bundle数
通过lftp命令下载GATK官网Resource bundle数据 # 如果使用GATK软件calling var...
RNAseq相关
数据下载 sra下载ncbi数据 star 比对 star软件的简单使用star官方文档 gatk流程
安装GATK4
下载安装GATK 下载GATK4 https://software.broadinstitute.org/gatk...
GATK bundle 数据下载
GATK 在官网中提供了resource bundle，里面包含了所需要的很多数据。目前提供FTP 和 Googl...
Day 9_2 ESCC WES实战
需要有的东西肿瘤分析流程GATK网址 step 1 搜索数据下载我只下载以下四个
如何下载生物数据（三）：GATK数据下载
欢迎订阅WX众号：基因学苑，更多精彩内容等你发掘！基因学苑Q群：32798724 当前做人相关的基因组分析，包括...
群体遗传学一-SNP calling
使用BWA+samtools+gatk4.0进行SNP calling 首先下载数据eg： 01.align 首先...
生信Java软件安装
trimmomatic:常用于处理原始测序数据 GATK：功能强大，尤其是variant calling 下载安...
2 下载GATK需要的参考基因组文件
参考基因组及必备的数据库参考基因组下载我是从服务器上下载下来放本地电脑了下载方式1：直接去gatk官网下载...