使用SMART预测新型冠状病毒2019-nCoV的结构

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有很多的工具可以预测蛋白质结构，比如我之前写过的三篇文章：

1）蛋白质结构模型和功能预测：Swiss-model工具的使用：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7943409.html

2）蛋白质结构模型和功能预测：I-TASSER工具的使用：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7903245.html

3）预测氨基酸替换的致病性及分子机制：MutPred工具的使用：https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/7880320.html

感兴趣的可自行搜索阅读。

除了以上工具，还有其他经典的工具也可以预测蛋白质结构，比如这次介绍的SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/)。

下面讲一下怎么用SMART预测蛋白质的结构。

1 下载新型冠状病毒2019-nCoV的序列

新型冠状病毒2019-nCoV的序列在此：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN994468.1?from=begin&to=end&report=fasta

点击链接后，可见如下界面：

image

按截图的1, 2, 3, 4的步骤将其保存为蛋白质序列文件，命名为test.txt。

打开蛋白质序列文件，可见文件头几行如下所示：

>lcl|MN994468.1_prot_QHQ71972.1_1 [gene=orf1ab] [protein=orf1ab polyprotein] [exception=ribosomal slippage] [protein_id=QHQ71972.1] [location=join(266..13468,13468..21555)] [gbkey=CDS]
MESLVPGFNEKTHVQLSLPVLQVRDVLVRGFGDSVEEVLSEARQHLKDGTCGLVEVEKGVLPQLEQPYVF
IKRSDARTAPHGHVMVELVAELEGIQYGRSGETLGVLVPHVGEIPVAYRKVLLRKNGNKGAGGHSYGADL

2 使用SMART预测新型冠状病毒2019-nCoV的结构

进入SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/)网站。

打开第一步保存的文件test.txt, 将里面的内容全部复制，黏贴到如下截图中。

image

然后点击Sequence SMART。

点击后会出现如下界面，表示正在工作中，一会就能收到该病毒的结构。

image

3 结果展示

结果如下所示：

结果展示包括病毒的结构（红色方框所示），比如跨膜区域、domains区域，以及序列的什么位置有跨膜区域和domains区域等。

image image

4 结束语

上面只是简单介绍了一下SMART预测蛋白质结构的功能，实际上SMART还可以做其他分析。

比如：

1）查询含有某些特定结构域的所有蛋白质；

2）查询Uniprot ID、 Ensembl ID 对应的结构；

3）进行批量搜索