Mirabello et al., September 7, 2017, Cell, 1164–1174
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Highlight
•5,570个宫颈HPV16基因组显示出明显的个体间差异
•与病例相比，良性HPV16感染的非沉默变异数量更多
•E7基因在癌前病变和癌症病例中缺乏遗传变异
•HPV16罕见变异可能由人APOBEC3的抗病毒活性诱导
Summary
持续性HPV16感染可导致50%的宫颈癌。 我们使用一种新型HPV全基因组测序技术来评估5,570个HPV16感染的病例对照样本，以确定病毒遗传变异是否会影响宫颈癌前病变和癌症的风险。
我们观察了数以千计的独特HPV16基因组; 很少有女性有相同的HPV16序列，因此应该重新评估HPV突变率，传播，清除和持久性的临床意义。
在病例对照分析中，对照中的HPV16在整个基因组中具有更多的氨基酸变体。 引人注目的是，与对照组中的较高水平相比，E7在癌前病变/癌症中缺乏变异; 我们在世界各地的癌症中证实了这一点。 严格保守的E7的98个氨基酸，破坏Rb功能，对HPV16致癌作用至关重要，为病因和治疗研究提供了高度特异性的靶点。
Results
1）HPV16多样性（个体间及个体内不同部位）
个体之间：HPV16分离株的多样性很高
同一女性的身体部位：HPV16分离株序列趋于保守
配对样本分析支持我们观察到的高分离多样性不是由于测序错误的概念，因为在女性不同部位没有看到相似的多样性
2）SNP与癌症前期和癌症相关
PaP队列
Figure1 PaP队列中女性与CIN3+个体单核苷酸多态性关联与A1/A2家系对照的比较
位于URR区域的两个snp与CIN3+风险的降低密切相关，且在多次试验调整后仍保持显著，位置分别为7387 (OR0.04)和7359 (OR 0.06)
Table 3 SNP
3）病毒基因区域累积变异分析
Figure 2 针对CIN3 +病例和对照的A1 / A2Lineages病毒基因组的罕见非沉默变异分布
Figure 3 在E7 ORF中观察到罕见的非同义和无义核苷酸变异。
4）非同义序列和同义序列差异
既往认知：HPV16作为单个病毒侵入经历缓慢的基因变异
新发现：每一个HPV16分离株都可能自附不同的致癌机理
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