插件 | 蛋白序列集合功能注释快速完成 - Quick Prot

写在前面

下游数据分析的时候，大体会遇到以下两个场景：

1. 手工查看基因组任意位置的基因，具体的注释信息，以及其前后基因的功能注释信息
2. 手上有某个序列或者某几个序列，想要快速知道这些序列对应的蛋白到底都有什么功能

一般而言，我们会使用BLAST软件，比对到一些数据库，然后整理整理。不过这个过程还是相对较慢。快，估计是所有人都在追求的。要加速这个过程，其实只需要做两个事情：

1. 数据库本地化，因为网页总归是慢一些的，尤其是网站主机在国外，比如NCBI
2. 使用比BLAST更快的软件，如ghostz或者diamond等

对于TBtools用户来说，则可以直接使用今天介绍的插件。

Quick Protein Anno

安装请参考之前的推文《Plugin | 高速版插件商店！我又有一个绝妙的 idea》。插件打开界面如下：

由上述界面可以看出，使用起来极其简单：

1. 如果没有下载Swissprot数据库，那就点击DB Download，会自动跳转下载链接，下载下来是.gz文件，注意先解压
2. 拖拽放置Swissprot序列库
3. 设置待查询的序列
4. 设置输出文件路径或者点击Text Output
5. 点击Start

等待即可，总的来说，我觉得还是很快的。最多几分钟？不过还是要看大伙输入的数据集合大小。

测试香蕉蛋白全集快速注释

只开了两个线程，从20:14开始，跑到20:17。
只用了三分钟！

看了下，效果还是很不错的。

测试几个序列

随意截取了几个序列，试了下，估计要等个10+s。在输入序列太少的情况下，果然速度不如BLAST，不过也不影响嘛。。。

写在后面

昨天发了一个通告，主要是告知大伙一些大半年前就已经开始的状态。一方面我不希望 TBtools 被用于商业活动却反噬我自己；另一方面我也不想自己再折腾相关事务。最好的办法就是，直接授权出去，让公司去跟一些行为不妥的公司或者团队折腾。而我专心做我自己想做的事情就行。当然了，有得有失，只在我个人与公司。对于用户来说，并无区别。至少过去大半年了，也没见用户因此困扰。TBtools也没有限制核心功能的时候使用，甚至还变得更完善和稳健。
还是小时候说的“不革自己的命，就等着被别人革”。