“空印案”虽然波及极广，但这并不是朱元璋整顿吏治的结束，相反还有更大的案件爆发。
洪武朝最大的贪污案件名为“郭桓案”，郭桓是当时的户部侍郎，也就是除了户部尚书外的第二把手，而户部又是掌管户籍和财政的部门。据说，郭桓不仅伙同地方和中央各级官员贪污国家赋税和粮食，还巧立名目征收各种赋税，中饱私囊。这个案件是由御史告发的，最终查出郭桓及其同伙共贪污两千四百多万石粮食。涉案官员遍及六部，经手税收的相关官员几乎没有几人能够幸免。因此，此案又让四万人被杀，受此案株连的官员更是不计其数，感觉朱元璋砍人脑袋跟樵夫砍柴没啥区别。此案的直接后果就是中央政府出现大面积官员空缺，而缺乏足够时间历练的官员恐怕很难熟练处理各项事情，也不知道朱元璋是从哪找人填补的这些空缺。
对于朱元璋如此大面积处置官员和功臣，太子朱标就曾提出过反对意见，可朱元璋却说自己是在给太子铺平道路，以免年轻的太子无法控制这些功臣宿将。而等到太子朱标先于朱元璋病故，朱元璋准备册立皇长孙朱允炆为继承人的时候，朱元璋又将自己的屠刀挥向功臣宿将，这便引出了“蓝玉谋反案”。
这个案件可以说是朱元璋对于功臣派的致命一击，蓝玉就是当时功臣派中地位最高的人。蓝玉是常遇春的妻弟，也是朱元璋的安徽老乡，在反元起义中没有特别突出的表现，然而当徐达常遇春等人或战死或获罪之后，他在清剿元朝残余势力的战斗中屡立战功，成了功臣派的第一人，同时也成了朱元璋必须防范的对象。偏偏蓝玉自己不知道小心做人，最终招来了朱元璋的屠刀。与此案有牵连的公爵、侯爵和伯爵就多达一万五千人，可以说这个案件让功臣派彻底失去了反抗的能力。可奇怪的是，杀了这么多人，贪腐现象并没有因此得到解决，而他选定的继承人朱允炆也被他的儿子燕王朱棣推翻，这又是为什么呢？
其实道理很简单。朱元璋花大力气整顿吏治，又下狠手清除功臣派，都是从稳定自身统治的角度出发，希望借此稳固自己的老朱家的皇位。功臣们可以跟随朱元璋消灭元朝，难道就不会再拥立别人吗？这种不确定因素是必须要扼杀在摇篮里的，而官员们是政策的实际执行者，不控制住他们，就会失去对国家的掌控力，所以官员们必须足够服从。
至于说建文帝朱允炆的遭遇，除了他本人政治上的不成熟之外，恐怕多少也和功臣宿将所剩无几有很大关系。而朱棣无论是在军事上，还是在政治上都明显更胜一筹，随着朱棣将都城迁往北京，朱元璋的所有努力也就付之东流了。而在这一点上。朱元璋和刘邦以及刘备似乎有十分相似，他们都管不了自己身后的事情，最后做一手词结束这部分的内容吧。
浪淘沙令 读明史有感
洪武本躬耕，
历尽困穷，
亦入沙门亦称雄。
未有贤良倾囊助，
难救苍生。
周汉也争锋，
过眼成空，
治乱多因淮浙功。
回溯往昔屠刀过，
谁得荣宠。
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