实验设计
一个病人的治疗过程中不同阶段取样
#1样本：非MIUBC
#2 样本：发展为MIUBC
#3 样本：化疗耐药并且发生肺转移
#PDX(vehicle-treated)样本：PDX模型对照组
#PDX(targeted agent-treated)样本：PDX模型靶向药处理后耐药的样本
化疗耐药驱动基因
#1，#2，#3样本HE染色、WES和WTS测序。
HE染色和WTS数据对肿瘤分型，#1为 luminal–papillary subtype、#2和#3为basal/squamous subtype
WES测序表面HRAS基因在3个样本中都有突变，导致HRASQ61R蛋白过表达和RAS通路激活。
对#3样本scRNA-seq验证了HRAS基因在肿瘤细胞中的过表达
HRAS靶向药耐药
对PDX小鼠使用HRAS处理，肿瘤缩小但是9个月后又有进展。
scRNA-seq对别PDX靶向药（红色）和对照组（蓝色），发现处理组相较于对照组 HRAS表达水平下降（转录组水平和蛋白水平）；肿瘤细胞聚为2类，ClusterB更像是耐药细胞，但是对照组的一些细胞也分到了ClusterB中（蓝色），这说明耐药细胞一开始就存在于肿瘤样本中。
处理组肿瘤细胞进入休眠期，过表达IGFBP7, MDK, and B2M基因
肿瘤细胞分为3个cluster，其中cluster3的HRAS表达水平最低，IGFBP7, MDK, and B2M基因表达水平最高，休眠细胞最多。
PDX肿瘤免疫微环境
细胞比例变化
全部细胞类型比例变化
成纤维细胞亚群群分析，处理组有更多比例的MyoCAFs细胞（often associated with tumor aggressiveness and a dismal prognosis）
MyoCAFs：myofibroblasts、肌成纤维细胞
CAFs：cancer-associated fibroblasts、肿瘤相关成纤维细胞
处理组的CAFs与对照组的CAFs进行差异基因分析，发现Mdk and Igfbp7基因表达量增加。
同样方法分析巨噬细胞亚群， 处理组有更多比例的M2细胞（抑制免疫细胞）
同样方法分析其他免疫细胞亚群， 处理组有更多比例的cytotoxic T lymphocytes (CTLs)和adaptive NK cells
#3 样本肿瘤免疫微环境
对免疫细胞细分亚群，分析每个细胞亚群中高表达的基因，比如Myo-CAFs specifically expressed higher levels of MDK and IGFBP7 than other matrix fibroblasts
免疫检查点抑制剂治疗
肿瘤细胞与免疫细胞通过免疫检查点受配体互作。
PD-L1抑制剂治疗后病人部分缓解
Reference
https://doi.org/10.1186/s13073-020-00741-6
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