TCGA 数据挖掘+实验验证（老牌期刊非OA 准8分）

今天分享一篇TCGA数据挖掘+实验验证的文章，文章发表业内老牌期刊Oncogene上，影响因子：7.971，中科院最新分区：1区，非OA期刊。参考文章来源：PMID: 33420370 DOI: 10.1038/s41388-020-01635-y。

研究背景：

前胶原赖氨酰羟化酶1（PLOD1）在恶性肿瘤中高表达，例如食道鳞状细胞癌，胃癌和大肠癌。生物信息学分析显示PLOD1与GBM的进展有关，尤其是最恶性的间充质亚型（MES）。此外，在TCGA和CGGA数据集中，PLOD1表达高的患者的平均生存时间明显短于低表达的患者。临床样本证实了这一结果。因此，我们旨在研究PLOD1在体外和体内对间充质GBM发育的影响及其可能的机制。

研究结果：

对源自患者的神经胶质瘤干细胞进行了分子实验，发现PLOD1在GBM患者的肿瘤组织和癌细胞系中表达更高，尤其是在MES中。PLOD1还增强了肿瘤的生存能力，增殖，迁移，并促进了MES转换，同时抑制了细胞凋亡。肿瘤异种移植结果还表明PLOD1的过表达显着促进了肿瘤的恶性行为。从机理上讲，生物信息学分析进一步表明PLOD1表达与NF-κB信号通路密切相关。此外，我们还发现低氧环境也增强了PLOD1的促肿瘤作用。

研究结论：

总之，PLOD1的过表达可能是GBM增强浸润性和MES转换的重要因素。因此，PLOD1是间充质GBM甚至所有GBM的潜在治疗靶标。

分析内容：

1、证实PLOD1在MES GBM中上调，与生存率呈负相关（数据挖掘+实验）

2、证实PLOD1基因敲减抑制了MES GSC富集的肿瘤球的生长和体外侵袭，PLOD1过表达促进体外GSC的生长，侵袭和MES转化

3、PLOD1调节GSC中的NF-κB信号通路

4、证实NF-κB抑制剂可消除PLOD1诱导的MES GSC富集的肿瘤球的体外生长和侵袭

5、证实HIF1可在缺氧条件下直接诱导PLOD1的表达

6、证实PLOD1敲减可消除缺氧诱导的MES GSC富集的肿瘤球的生长和体外侵袭

7、证实低氧诱导的PLOD1调节胶原蛋白I表达，PLOD1影响体内GSC的致瘤性和MES分化