β多样性 β多样性：指沿环境梯度不同生境群落之间物种组成的相异性，也被称为生境间的多样性（between-habi...[作者空间]
肠道包含着大量的微生物，它们栖息于不同的生态位，在彼此以及与人类细胞之间形成复杂的相互作用网络。除了细菌之外，数十...[作者空间]
此前我们已经讲过了如何使用R语言计算两列数据相关性的分析方法，今天，我们来看一种检验两个矩阵相关关系的方法...[作者空间]
在进行一些数据分析是经常会需要将一个数据对象转化为矩阵，以及稀疏矩阵（sparse matrix）和稠密矩阵之间的...[作者空间]
菌群相对丰度数据，用bray-curtis计算样本间的距离，接着用PCOA降维并作散点图。ggrepel包可为gg...[作者空间]
论文 Reduced diversity and altered composition of the gut m...[作者空间]
标题：CheckV assesses the quality and completeness of metage...[作者空间]
看论文 Genomic insights into the origin, domestication and d...[作者空间]
1. metaWRAP简介 [MetaWRAP](https://github.com/bxlab/metaWRA...[作者空间]
简介 PCoA分析，即主坐标分析（principal co-ordinates analysis），是一种非约束性...[作者空间]
CARD | 抗生素耐受(基因，产物，表型)数据库 文献：https://card.mcmaster.ca/abo...[作者空间]
使用软件：barrnap（需要在合适的环境中配合运行） barrnap其实 除了自己一个文件以外，还会配合bedt...[作者空间]
1. 为什么我们要进行Normalization 测序深度：某些低表达量的基因只有在较高的测序深度时才能检测到。一...[作者空间]
LEfSe[1]是一种用于发现高维生物标识和揭示基因组特征的软件。包括基因，代谢和分类，用于区别两个或两个以上生物...[作者空间]
更多案例分享： 微生物基因组案例解读[https://link.zhihu.com/?target=https%3...[作者空间]
2021.4.3持续更新中。。。目的：从Illumina原始下机数据拼接细菌基因组草图。软件：FastQC、Cut...[作者空间]
上述情况可以分为以下4种子情况： （1）如果质粒的基因组信息非常重要或对质粒组装要求高，建议先将质粒从基因组中分离...[作者空间]
文章信息：标题：A metagenome-wide association study of gut microb...[作者空间]
文献信息：标题：Massive expansion of human gut bacteriophage dive...[作者空间]
