Cell | GPD：14万肠道(人)非冗余噬菌体基因组数据库

文献信息：
标题：Massive expansion of human gut bacteriophage diversity
中文：人肠道噬菌体多样性的大规模拓展
杂志：cell
单位：英国，惠康基因组科学园，宿主微生物群互作实验室
时间：2021.2

摘要：
噬菌体通过创造促进生态适应的基因流网络来推动细菌群落的进化变化。然而，病毒多样性的程度及其在人类肠道的流行程度仍然很大程度上未知。在这里，我们介绍了肠道噬菌体数据库，这是一个约142,000个非冗余病毒基因组(>10 kb)的集合，通过挖掘一个包含28,060个全球分布的人类肠道宏基因组和2898个培养肠道细菌参考基因组的数据集获得的。宿主分配显示，厚壁菌门的病毒多样性最高，约36%的病毒集群(VCs)不局限于单一物种，从而在系统发育不同的细菌物种之间创建了基因流网络。流行病学分析发现，至少在5个大洲发现了280个分布在全球的VCs和一种高度流行的具有p-crAssphage特征的噬菌体分支。这种高质量、大规模的噬菌体基因组目录将改进未来的病毒组研究，并使人类肠道噬菌体的生态和进化分析成为可能。

GPD数据库：http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/metagenomics/genome_sets/gut_phage_database/
分类脚本：https://github.com/cai91/GPD/tree/master/classifier

工具方法：

GDP搭建流程

最完整的肠道噬菌体序列数据库

肠道噬菌体细菌宿主对应

肠道噬菌体宿主对应

肠道噬菌体全球地理分布

肠道噬菌体进化枝和宿主对应

Gubaphage在肠道种普遍存在

更多：
迄今最大人类肠道噬菌体数据库发布