生信log7|用barrnap在细菌全基因组中抽取16sr RN

使用软件：barrnap（需要在合适的环境中配合运行）

barrnap其实 除了自己一个文件以外，还会配合bedtools来抽取fasta中的序列，否则会因为格式问题报错而不产生所需的文件

准备文件：

• contig.fasta（就是拼好的序列scaffold.fasta也可以用的）
• 注释好的.gff3文件

软件安装

Conda

conda install -c bioconda -c conda-forge barrnap

Homebrew（MacOS/Linux用户）

brew install brewsci/bio/barrnap

到底需不需要特意去安装呢，笔者认为是不需要的，因为这个软件内置在微生物注释常用软件Prokka内，意味着使用prokka进行初步注释后已经可以抽取16S rRNA基因序列了

常用代码/命令

# 查看帮助
barrnap -h
# contigs.fa 输入的是拼接好的菌种.fasta的文件，两边的 'rrna.fa', 'rrna.gff'是为了
# 把gff上的信息与序列信息相对应）-o 是输出文件名&地址
barrnap -o output.fa contigs.fa your_species.gff 
##查看序列头三行
head -n 3 rrna.fa 

得到下列结果

16S_rRNA::gi|329138943|tpg|BK006945.2|:455935-456864(-)
ACGGTCGGGGGCATCAGTATTCAATTGTCAGAGGTGAAA
TTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTG
CCAAGGACGTTTTCATTA

如何验证

• 建议自己先做个16S rRNA的测序，并上传至Ezbiocloud进行序列比对。后面从基因组中抽出来的序列也上传至Ezbiocloud进行序列比对，看种属信息是否一致。（PS：Ezbiocloud/NCBI都可以，看自己个人喜欢）

参考

下面的网址是官方详细的教程
https://github.com/tseemann/barrnap/blob/master/README.md#barrnap