2022年，《Nature communications》期刊发表的“Short- and long-read m...[作者空间]
纵向微生物组研究可以捕捉微生物组内的时间变化，以获得对微生物系统的机理认识。近日，《Briefings in Bi...[作者空间]
发表期刊：Computational and Structural Biotechnology Journal（I...[作者空间]
1. 这个工具有在线网页版，当然KEGG注释还有其他很多工具可以选择比如Diamond，KAAS等等 https:...[作者空间]
相比version2，version3数据库拓了很多，还有3支持自建数据库了。 Github: https://g...[作者空间]
之前写了不少微生物多样性的数据可视化案例，但是始终没有与宏基因组接触，如今大势所趋不得不走上这条道路，论文复现也得...[作者空间]
QUAST是评估基因组组装质量的常用工具，可计算N50等contig基本信息（without reference）...[作者空间]
系统发育树几乎是基因家族文章的必备图，一个好看的树图的确能给文章增色不少，一般的用户可能只使用MEGA绘图，进阶一...[作者空间]
16S rDNA测序及宏基因组测序都是研究微生物的重要方法，那么问题来了：这两者到底有什么区别呢?什么情况下需要做...[作者空间]
前面介绍了如何使用qiime2训练特征分类器对16s数据进行分类注释，但是由于其占用内存较高，个人电脑难以运行，现...[作者空间]
背景 宏基因组组装，即把短的reads拼装成连续的序列contig，再根据PE等关系将contig拼装成scaff...[作者空间]
导读 Briefings in Bioinformatics 2017年的一篇文章罗列了宏基因组物种分类、组装、分...[作者空间]
导读 这是一篇来自Briefings in Bioinformatics 2018的综述。该综述比较了宏基因组宏转...[作者空间]
导读 HUMAnN（全称HMP Unified Metabolic Analysis Network）最早由Cur...[作者空间]
第一列相同时数据整理 2.某列相同时只保留某列最大的那一行 3.最强多行变一行 4.求某列数据的标准差，方差，均值...[作者空间]
原文链接： 测序数据的质控：你需要Trimmomatic！ 通过前两期文章二代测序原理详细解析和测序数据质量解析的...[作者空间]
注：本文全文摘选自知乎：fastp: 一款超快速全功能的FASTQ文件自动化质控+过滤+校正+预处理软件 1引言 ...[作者空间]
qsub系统适用于服务器集群的任务提交参考地址 qsub提交系统使用说明 运行命令 qsub run.s PBS的...[作者空间]
linux三剑客awk、grep、sed应用环境即常用命令 linux常用命令链接 https://man.lin...[作者空间]
