美文网首页宏基因组
宏基因组物种分类、组装、分箱方法

宏基因组物种分类、组装、分箱方法

作者: 胡童远 | 来源:发表于2020-09-03 14:48 被阅读0次

导读

Briefings in Bioinformatics 2017年的一篇文章罗列了宏基因组物种分类、组装、分箱绝大多数方法,值得参考。

文献:A review of methods and databases for metagenomic classification and assembly
杂志:Briefings in Bioinformatics
时间:2017

一、物种分类、宏基因、宏转录策略比较

二、宏基因组分析常规流程

三、质控工具

四、物种分类、比对、分析工具

五、组装、分箱工具

相关文章

  • 宏基因组物种分类、组装、分箱方法

    导读 Briefings in Bioinformatics 2017年的一篇文章罗列了宏基因组物种分类、组装、分...

  • 宏基因组分箱(Binning)技术

    导读 宏基因组分箱(Binning)是将宏基因组测序得到的混合了不同生物的序列或序列组装得到的contigs按物种...

  • 常用转录组组装软件集合

    转录组组装软件 基因组组装 基因组组装(Genome assembly)是指使用测序方法将待测物种的基因组生成序列...

  • SqueezeMeta使用教程

    SqueezeMeta是一个全自动的宏基因组数据处理流程,涵盖了组装、分箱、物种注释、功能注释以及各个样品具有的物...

  • 宏基因组分箱(二)Metabat2分箱实战

    导读 上一篇:宏基因组分箱(一)Megahit组装和QUAST质量评价。分箱工具有很多,我为什么选择Metabat...

  • 宏基因组分箱(一)Megahit组装和QUAST质量评价

    导读 从本篇开始,我将介绍宏基因组分箱的生物信息分析方法。若想了解更多宏基因组分箱的知识请阅读:1. 宏基因组分箱...

  • 基因组survey

    基因组survey 在组装基因组之前一定要先对要组装的物种有一个大致的了解,判断其复杂程度, 标准如下 简单基因组...

  • 02-Hi-C辅助基因组安装

    基因组组装 基因组是怎么组装的,目前的方法有什么局限性?为什么要进行基因组组装?是因为目前的测序方法,无论是一代、...

  • 基因组结构注释

    1. 组装基因组质控 得到组装好的基因组序列之后,首先要使用多种方法评估组装质量。这里用到2款可用于基因组组装质量...

  • 基因组surey简介

    基因组的复杂程度直接决定了物种的组装难度,已测序物种的基因组大小从几百个基因(支原体Mycoplasma myco...

网友评论

    本文标题:宏基因组物种分类、组装、分箱方法

    本文链接:https://www.haomeiwen.com/subject/sfunsktx.html