1.LD过滤 2.用plink 进行pca分析 参考群体遗传中基于SNP的PCA分析[https://www.ji...[作者空间]
参考资料链接 https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_...[作者空间]
这篇文章是对SNP位点功能注释在线网站的一个总结帖。 软件排名不分先后，优先顺序可以看推荐指数。 彩蛋在最后，请坚...[作者空间]
写在前面 我知道IQ-tree已经有很长一段时间了。不过我一直并没有使用它。主要原因是，常用的快速构建ML树的软件...[作者空间]
找到了一份种群基因组学数据分析的教程，原文用的数据是2015年发表在science上的一篇论文Genomic is...[作者空间]
本文中使用到的数据是 文献笔记三十五：水稻细胞器基因组数据做群体遗传学分析 文章中提到的水稻叶绿体的那篇论文中提供...[作者空间]
在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们...[作者空间]
1：2019:Whole Genome Sequencing and Comparative Genomics A...[作者空间]
很久之前就听说sentieon在跑calling variants的速度非常快，能甩GATK 不知道多少条街，但是...[作者空间]
如果根据SNP或者Indel构建其系统进化树，可以展示群体中不同个体的相互关系，基因变异相似的往往会在同一个树的c...[作者空间]
最近一直忙期末汇报和脚本编写，没来的及接着往下写文章，年前把这一块写了，然后再往下的分析流程就比较特异性了，做...[作者空间]
一般使用 CMplot 绘制SNP密度图：包链接：https://github.com/YinLiLin/R-CM...[作者空间]
基于群体遗传中变异信息文件VCF来分析PCA 第一种方法 可以使用plink软件直接进行分析 plink --vc...[作者空间]
软件安装 官方提供了编译好的jar包，方便使用 如果要顺利运行程序，要求JAVA > 1.7, 以及根据基因组大小...[作者空间]
欢迎关注"生信修炼手册"！ bcftools也可以进行SNP calling。在之前的版本中，通常都是和samto...[作者空间]
欢迎关注"生信修炼手册"！ 本篇主要介绍annotate, concat, merge, isec, stats这...[作者空间]
欢迎关注"生信修炼手册"！ 本篇主要介绍index, view, query, sort, reheader这五个...[作者空间]
前言 很多关注我这个专题的朋友都在后台留言，说想了解更多关于SNP过滤的东西。是的，确实这是一个比较重要的问题。第...[作者空间]
欢迎关注"生信修炼手册"！ 二代测序平台产生的数据通常用fastq格式进行存储，fastq 存储了我们最关心的序列...[作者空间]
