上一篇写的是：重复一篇文献的GWAS（一）：基因型数据整理这一篇主要讲GWAS的核心流程和画图。 软件使用参考：使...[作者空间]
文献：A new regulator of seed size control in Arabidopsis id...[作者空间]
上个月中旬，出于对GWAS的好奇，我参加了一个培训班，之后又花了一周的时间来整理听课笔记，感觉现在对GWAS已经有...[作者空间]
比如 个体分型率 < 90% 某一个样本测出来的标记小于全部标记的90% 标记分型率 < 90% 某一个标记只在小...[作者空间]
在学习基因型填充之前需要了解一下什么是Phasing（基因定相、单倍体分型），主要是参考公众号碱基矿工中的一篇文章...[作者空间]
使用混合线性模型（linear mixed model)做GWAS可以有效校正群体结构和群体内复杂的亲缘关系。...[作者空间]
GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algor...[作者空间]
一、什么是多基因风险评分 传统的GWAS研究只计算单个SNP位点与表型之间的关联性，再用Bonferroni校正，...[作者空间]
在GWAS研究中，Manhattan plot和QQ plot是最常画的两类图，它们可以把跟研究的性状（比如，基因...[作者空间]
这一节说的是association analysis 也是我们分析单标记回归得到的结果（P值）的一步，这一步的结果...[作者空间]
要学习这一节，首先是要学习什么是主成分，什么是聚类这个我一直有点搞混，可以百度谷歌查一查http://www.cn...[作者空间]
之前讲了太多的很细的数据分析和过滤，在实战中，一般可以把命令写在一起。 这张图片对比了数据summary和数据过滤...[作者空间]
数据好不好，影响到结果的准确性，所以我们要来对数据进行过滤，过滤前，我们应该对数据的部分特征进行统计描述，以此为依...[作者空间]
学会了基本的plink之后，就要开始学习了解输入文件的格式了。详细的格式建议看官网因为之前以及接触过几次，这里来个...[作者空间]
有很多时候，看网上的教程，不如仔细阅读工具的使用说明，我准备系统学习一下plink的用法。 按照官网的教程，下载下...[作者空间]
作为一个统计遗传学实验室里的学生，怎么可以不会GWAS分析，虽然学的是生物信息学，但是每天听师兄师姐在那里讨论这个...[作者空间]
1、群体结构及其对 GWAS 的影响 群体结构的来源image.png群体结构对GWAS的影响--混淆变量Ance...[作者空间]
1、GWAS 流程 image.png数据质控• 1）按分型百分比条件过滤，多数文章剔除缺失率在20%以上的位点，...[作者空间]
在硕士就读期间，就已经做过 GWAS 相关的分析。当时标记量非常少， windows 系统分析就足够了，作图方面涉...[作者空间]
背景 群体遗传学中测出很多个个体，得到了最终的SNP vcf文件，需要将其分成群体，看哪几个物种聚在一起。一般使用...[作者空间]
