2018-10-30 GWAS实战（二）plink 入门

有很多时候，看网上的教程，不如仔细阅读工具的使用说明，我准备系统学习一下plink的用法。

按照官网的教程，下载下来的那个包里面有example

plink_mac

其实，看再多，不如一条命令跑一下来的实在

plink --file toy --freq --out toy_analysis

simple

好了跑完了，我们来分析一下

1. 命令都是plink开头的
2. --file 代表的输入文件 只要所有输入文件的前缀就可以

• Input data: '--file toy' tells PLINK to use the genomic data in the text files toy.ped and toy.map.

3. --freq 这一层是表示要进行运算，后续有很多命令，换个名字而已，当然还有各种参数，这里freq指的是统计等位基因的频率

• Calculation(s)² to perform: --freq tells PLINK to generate an allele frequency report. The full range of supported calculations is summarized under 'Main functions' in the sidebar.

4. --out 指定输出文件，只要指定前缀就可以，建议不要重复，因为文件多了会抹掉前面的文件。如果你不设置的话，应该是会报错的

By default, the output files generated by PLINK all have names of the form 'plink.xyz', where '.xyz' is one of these extensions. This is fine for a single run, but as soon as you make more use of PLINK, you'll start causing results from previous runs to be overwritten.Therefore, you usually want to choose a different output file prefix for each run. --out causes 'plink' to be replaced with the prefix you provide. E.g. in the example above, '--out toy_analysis' caused PLINK to create a file named toy_analysis.frq instead of plink.frq.

我们来看生成的文件

result

以上就是对简单的plink程序使用介绍，其实要学会使用plink做GWAS，还得有统计遗传的基础知识，要熟悉各种输入的格式才行