2018-11-02 GWAS实战（五）plink 进阶之数据过

之前讲了太多的很细的数据分析和过滤，在实战中，一般可以把命令写在一起。

total

这张图片对比了数据summary和数据过滤的命令之间的差异。

对于我们自然群体，没有家系结构，所以主要是
--mind N 删个体（基于缺失率）
--geno N 删snp（基于缺失率）
--maf N 删snp （基于最小等位基因频率）
--hwe N 删snp （基于A和a不符合哈德温伯格平衡）
--LD（这个一般不做双基因互作的话不考虑，详见我上一篇）

plink --bfile core_v0.7 --mind 0.1 --maf 0.05 --geno 0.1 --hwe 0.01 --make-bed --out clean

这样可以生成过滤好的文件，进行下一步分析

生成的新文件

clean