之前的两个可视化系列已经提到过样本间比较可视化展示的方式了,重复的内容在这里就不做展示了。 BS-seq 分析常用...[作者空间]
前面我们讲过了,DNA甲基化数据分析全基因组可视化的几种常见图形 BS-seq 分析常用图表之全基因组甲基化的分布...[作者空间]
我们对于BS-seq甲基化数据查全基因组上的一个分布,常用的主要用 Circos plot、单条染色体上DNA甲基...[作者空间]
哈哈,前两天担心讲不好,又撤销了了此内容,一时兴起,没什么人就过阵子取消了。 感兴趣的可以加 QQ 群:20269...[作者空间]
问题的提出 单细胞测序,在BS数据分析中,最常用的比对工具就是BSMAP[https://www.jianshu....[作者空间]
废话不多说,直接简单粗暴的开始吧 导入基因组 导入基因组文件:Genomes→load geome from fi...[作者空间]
Bismark是做甲基化数据分析常用软件,其中有一个--non_directional的参数,默认是不启用,如果需...[作者空间]
今天有一个小伙伴遇到就是不知道为啥 getCorrelation 函数输出的结果都不能储存到变量中,我也尝试但是费...[作者空间]
引言 methylKit是一个R软件包,用于分析和注释通过高通量亚硫酸氢盐测序获得的DNA甲基化信息。该软件包旨在...[作者空间]
链接: 包括哪些流程? 链接:https://nf-co.re/pipelines nascent :Nascen...[作者空间]
翻译DMRfinder官方说明文档。 Introduction DMRfinder 是一款用于WGBS的C位点提取...[作者空间]
和甲基化有关的。可以先了解下甲基化:450k甲基化基础450K甲基化芯片数据处理传送门450k甲基化芯片常用工具包...[作者空间]
简介:small RNA测序分析结果 与 WGBS测序分析结果 联合分析 1.全基因组层面 全基因组上固定bin长...[作者空间]
有两种方法,先看比较简单的一种: 结果: 第二种方法就比较复杂了,需要准备两个文件:一个是包含染色体长度的文...[作者空间]
DSS (Dispersion Shrinkage for Sequencing data),为基于高通量测序数据...[作者空间]
全基因组分析造血细胞中的DNA甲基化:WGBS的DNA甲基化分析 First Online: 23 July 20...[作者空间]
挂一个今天遇到的坑,竟然和bismark的版本有关! 看图:这个bismark_genome_preparatio...[作者空间]
19年的nature protocol的文章,非常值得有学习的地方!文章:Resolution of the DN...[作者空间]
DNA methylation analysis in plants: review of computation...[作者空间]
文献题目:RnBeads 2.0: comprehensive analysis of DNA methylati...[作者空间]