这是bismark的版本坑

挂一个今天遇到的坑，竟然和bismark的版本有关！

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看图：这个bismark_genome_preparation是默认bowtie1比对的

bismark_genome_preparation帮助文档
版本

结果才发现这个竟然是0.14版的

把这个版本升级一下，我们再看看帮助文档，这次升级的是2.0版本

版本信息
bismark_genome_preparation帮助信息

这里默认的变成了bowtie2了。不同版本的比对，真的是要好好比照一下了！