使用IGV简单绘制甲基化分布图

废话不多说，直接简单粗暴的开始吧

导入基因组

导入基因组文件：Genomes→load geome from file→选择"reference.fa"文件

导入注释文件：file →load geome from file →选择om"reference.gff"，由于gff文件已经是按坐标顺序排列的，因此不需要重新排序。

导入甲基化数据文件

这是拿到的结果，标注了甲基化的类型以及所在位点。

IGV导入的数据需要改为IGV格式，建议先学习下IGV文件的格式

可以看到，官网中给了我们IGV文件的格式例子，patient就可以改为不同的甲基化类型，由于IGV格式的文件不支持正负链的标注，所以在转换成IGV格式文件时，我把负链的甲基化值变为负值

最后修改的IGV文件如下（tab分割）：

然后通过file→load from file导入，结果如下图：

接下来，我们可以修改图片的颜色和字体大小，右键点击相应的行即可

点击file→save image即可保存最终图片

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