本节概览1. WGCNA基本概念：定义、关键术语、基本流程、一些注意事项2. WGCNA运行：⓪输入数据准备①判断...[作者空间]
本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差...[作者空间]
本节概览：1.GSEA简单介绍2.创建GSEA分析所需的geneList，包含log2FoldChange和ENT...[作者空间]
写在前面：经常做转录组分析，就是把差异基因搞个火山图和Venn图看各组差异基因的共有和特有情况。看见有个比较好的选...[作者空间]
前言 对质谱数据做单变量的组间差异检验后，我们获得了检验的结果。常用展示结果的方法有图和表的方式，我们在文献中常用...[作者空间]
OrthoMCL介绍 1. OrthoMCL的用途 基于序列的相似性，OrthoMCL能将一组proteins（比...[作者空间]
一、在NCBI上下载rRNA的fasta序列，用于建立索引 打开NCBI,select “Taxonomy” an...[作者空间]
目录 1.Module 1 - Introduction to RNA sequencing Installati...[作者空间]
1. view Usage: samtools view [options] | [region1 [...]...[作者空间]
安装 下载安装包 - SignalP 3.0: Linux[https://services.healthtech...[作者空间]
使用两个软件对fq数据进行比对，得到比对文件sam/bam，并探索比对结果。三个常用参考基因组数据库：Ensemb...[作者空间]
寻找差异表达的基因并识别它们的功能，是我们进行RNA测序的最主要目的。很明显，这些差异的基因必然与功能改变密切相关...[作者空间]
文献学习 【要做笔记】1.A comprehensive evaluation of normalization ...[作者空间]
![[R]bioconductor之GenomicFeatures学](https://img.haomeiwen.com/is20354525/1c32cab598e64cd2.png)
GenomicFeatures包主要提供了TxDb对象结构。基于此对象的操作，we can easily down...[作者空间]
基本概念 表达趋势分析（Series Test of Cluster）：将变化特征模式相似的基因归类到一种变化趋势...[作者空间]
基因组组装完成后，可通过查看contig的N50或者BUSCO，以及LAI评估组装质量。本文就LAI方法做一简单介...[作者空间]
1 软件安装 https://www.jianshu.com/p/eb89ab4af035[https://www...[作者空间]
大致的流程如下：BBtools --》 Trinity(v2.8.5) --》 Transdecoder --...[作者空间]
