一、在NCBI上下载rRNA的fasta序列，用于建立索引

打开NCBI,select “Taxonomy” and search for “sheep“

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点击 Ovis aries

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点击 Ovis aries(sheep）

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右边表格Click on the “Subtree links” for Nucleotide:

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左边选择rRNA(281)

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选择显示200perpage，让所有记录都放在一页，以便下载全部的条目

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点击send to,设置为上图的参数,点击create file

二、bowtie2建立rRNA索引

下载bowtie2

conda install -y bowtie2

建立索引

bowtie2-build sheep_rRNA.fasta sheep_rRNA

三、利用bowtie2去除rRNA

针对单端测序文件（single-end）

 bowtie2 -x /public/jychu/reference/index/bowtie2/sheep/rRNA/sheep_rRNA --un-gz ${i}_IP_rmrRNA.fastq.gz -U ${i}_IP.read1_Clean.fastq.gz -p 8 -S ${i}_rRNA.sam; rm ${i}_rRNA.sam

针对双端测序文件（paired-end）

 bowtie2 -x /public/jychu/reference/index/bowtie2/sheep/rRNA/sheep_rRNA  -1 T_F2a_1_1.fq.gz -2 T_F2a_1_2.fq.gz --un-conc-gz T_F2a_input_rmrRNA.fastq.gz -p 8 -S T_F2a_rRNA.sam; rm T_F2a_rRNA.sam; 

结果如下

-rw-r--r-- 1 jychu jychu 2.5G Oct 21  2017 T_F2a_1_1.fq.gz

-rw-r--r-- 1 jychu jychu 2.9G Oct 21  2017 T_F2a_1_2.fq.gz

-rw-rw-r-- 1 jychu jychu 558M Mar  7 22:03 T_F2a_input_rmrRNA.fastq.1.gz

-rw-rw-r-- 1 jychu jychu 609M Mar  7 22:03 T_F2a_input_rmrRNA.fastq.2.gz

(参考链接：https://www.jianshu.com/p/10477f96f12e)

bowtie 去核糖体RNA

下载bowtie

conda install -y bowtie

建立索引

**bowtie-build sheep_rRNA.fasta sheep_rRNA**

去核糖体RNA

bowtie -v 3 --norc /public/jychu/reference/index/bowtie/sheep/rRNA/sheep_rRNA -q <input>.fastq --un <output>.fastq