经历之前的三节，现在大家手上已经有了从NCBI或者ENA数据库下载好并转化成了Fastq格式的文件（可以看到我这里...[作者空间]
写在前面 前天，我写了一个 TBtools 插件，意在让所有人都能自主分析转录组测序数据，进而获得 基因表达量矩阵...[作者空间]
安装配置conda 使用清华源下载sh脚本并安装 下载完成后直接运行脚本文件bash Miniconda3-lat...[作者空间]
上个笔记中，进行了共生物种的确定，由于地下部位的转录组还有一部分reads没有比对上，可能是样品污染问题，也可能含...[作者空间]
【原创】R语言实战：read counts如何转化为TPM和FPKM, TPM和FPKM相互转化[作者空间]
富集分析应该算是最常用的分析方法之一了，但许多同学对它也只是一知半解，脑子里还有许多疑问，比如前景基因是什么？背景...[作者空间]
如上图需要准备三个文件。 1.一个###必须的###基因对信息文件，大体格式如下（tab分割）： 2. 一个##必...[作者空间]
参考： 基因长度之多少Htseq Count To Fpkm 由公式可知，知道了featurecount coun...[作者空间]
Trinity是由 the Broad Institute 开发的转录组denovo组装软件，由三个独立的软件模块...[作者空间]
简要介绍利用eggNOG进行在线注释GO 其原理将query序列与eggNOG编号的蛋白进行多序列比对，确定保守位...[作者空间]
联川生物云平台自上线以来，为科研分析和作图提供了不少助力，旨在使您能够轻松快速地完成一个科研分析，并得到精美的可视...[作者空间]
得到了差异基因并进行了一顿操作可视化后，我们可以开始富集分析了，Don't say so much，要富集当然首推...[作者空间]
一、背景说明 Blast2GO官方提供的在线版本，第一速度非常慢，第二不利于我们提交后台进行大规模地对各种物种进行...[作者空间]
我们已经得到了一个表达矩阵，下面我们就用DEseq2筛选差异表达基因，并进行简单的visulization。 DE...[作者空间]
命令行： hisat2-build[options]* 注意： 如果使用--snp，--ss和/或--exo...[作者空间]
参考 https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5200655.html 使用命...[作者空间]
共线性：物种间的共线性是由于物种间产生分歧，从同一祖先继承来的遗传信息经过各自的进化后，仍保留了大量的高度相似序列...[作者空间]
featuresCounts 软件用于定量，不仅可以支持gene的定量，也支持exon, gene bodies,...[作者空间]
RSEM RSEM是对基因进行表达定量的一个软件，是基于STAR序列对比的基础之上进行的。而kallisto不需要...[作者空间]
