Trinity是由 the Broad Institute 开发的转录组denovo组装软件，由三个独立的软件模块组成：Inchworm, Chrysalis和Butterfly。三个软件依次来处理大规模的RNA-seq的reads数据。
Trinity的简要工作流程
1. Inchworm
将RNA-seq的原始reads数据组装成Unique序列；
★｛unique sequences，也就是contigs｝
2. Chrysalis
将上一步生成的contigs聚类，然后对每个components构建deBruijn图；
3. Butterfly
处理这些deBruijn图，依据图中reads和成对的reads来寻找路径，从而得到具有可变剪接的全长转录子，同时将旁系同源基因的转录子分开。
参考下面链接对Trinity原理做一个详细的介绍
https://www.jianshu.com/p/c457bcb57c2b
Trinity是由 the Broad Institute 开发的转录组denovo组装软件，由三个独立的软件模块...
原文：转录组组装软件：Trinity视频参考：BroadE: Trinity - How it works和基因课...
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本文标题：转录组组装软件：Trinity (转载)
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