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samtools统计fasta文件序列长度,根据序列名提取序列

samtools统计fasta文件序列长度,根据序列名提取序列

作者: 小明的数据分析笔记本 | 来源:发表于2020-07-17 23:02 被阅读0次
参考

https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5200655.html

使用命令

samtools faidx input.fasta

会生成一个input.fasta.fai的文件,文件的内容总共有5列
第一列是序列名,第二列是序列长度,第四列是每行多少个碱基

根据序列名提取序列
这里好像只能提取单条序列

samtools faidx input.fasta TCONS_00000018 > TCONS_00000018.fa

还可以加上指定的位置

samtools faidx input.fasta TCONS_00000018:1-10
>TCONS_00000018:1-10
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