写在前面 今天周末，转眼10月份只剩一周。万万没想到，一个月下去，我还是花了不少时间在完善「GSAman」。至于为...[作者空间]
对基因组测序完成后，我们经常需要统计测序深度（depth）和对基因组的覆盖率（coverage） 这两个概念有时候...[作者空间]
# 1. 初步使用 运行下面几行代码，初步了解ChIPpeakAnno使用 # 1. 详细例子 ChIPpeakA...[作者空间]
To annotate the peaks generated by Macs2， the following c...[作者空间]
上一期提到使用exomePeak2进行m6A的Peak Calling，结果如下，每个样本一个结果： ├── AD...[作者空间]
1. 将测序数据比对到参考基因组。 2.求出每一个碱基上的深度 结果如下所示（其中第一列为染色体，第二列为posi...[作者空间]
最近遇到一个问题，用DiffBind找差异peaks，但是网上没有找到合适（直接用）的参考，网上的例子[https...[作者空间]
0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的...[作者空间]
一、 首先放一段illumina测序平台的官方原理链接： https://www.bilibili.com/vid...[作者空间]
并不觉得ggplot2作图多好看，尤其是箱线图和柱状图需要大量的修饰，现在介绍ggplot2做分组箱线图，添加箱子...[作者空间]
一些背景补充参考[https://www.jianshu.com/p/b18ee79a0285] 双端测序下机数据...[作者空间]
我们用的MACS2来进行call peak的。 我的样本是：input，CK，treatment ========...[作者空间]
ChIP-seq试验普遍用于探究蛋白质与核酸的结合作用。例如最常见的，期望获得某个转录因子的功能，查看它结合到哪些...[作者空间]
这几天需要做八十多个种的比较基因组，网上找了半天没有提取intron（内含子区）和intergenic regio...[作者空间]
本文是《ATAC-Seq 分析流程》[https://www.jianshu.com/p/e043bc8c1bae...[作者空间]
IGV需要的文件：比对文件为 bam和bam.bai文件 参考基因组文件...[作者空间]
计算Macs产生的peaks在基因组不同染色体上的分布，这里把染色体划分成10^5 bp一个bin。 代码实战[作者空间]
该教程分为2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知...[作者空间]
Tips: https://deeptools.readthedocs.io/en/develop/content...[作者空间]
