深度（depth）与覆盖度（coverage）

假想实验

对长100bp的目标区域进行捕获测序：采用单端测序，每个read长5bp；总共得到了200个reads；把所有的reads比对到目标区域后，100bp的目标区域中有98bp的位置至少有1个read覆盖到，换言之，剩余的2bp没有1个read覆盖。

深度

200 x 5 / 100 = 10

我们说这此测序的深度为10X。

覆盖度

98 / 100 × 100% = 98%

我们说这次测序的覆盖度为98%

使用genomecov：

ref： genomecov — bedtools 2.27.0 documentation

'''
samtools view -b xxx.bam | genomeCoverageBed -ibam stdin -g hg18.genome -bga > cov.bedgraph
'''
hg19:hg19.chrom.sizes

mm10:mm10.chrom.sizes

或者samtools查看bam：
'''
samtools view -H xxx.bam

-bg Reporting genome coverage in BEDGRAPH format

-bga Reporting genome coverage for all positions in BEDGRAPH format
'''

image.png

使用samtools的depth：

samtools depth xxx.bam -a > xxx.bam.depth

image.png

结果： 一共得到3列以指标分隔符分隔的数据，第一列为染色体名称，第二列为位点，第三列为覆盖深度。