clusterProfiler 是业界大神Y叔写的一个R包，可以用来做各种富集分析，如GO、KEGG、DO（Dis...[作者空间]
clusterProfiler这个R包主要是做GO和KEGG的功能富集及其可视化。 首先考虑一个问题：cluste...[作者空间]
官方说明：https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper/wiki/eggNO...[作者空间]
生物信息分析中，接触最多的莫过于基因富集分析，故在此基础上目前已经开发了很多种富集分析工具，如网页版的DAVID、...[作者空间]
写在前面 最近真是烦心啊，事事不顺，找个日子我要找大师算一卦。? 大家基本都会做富集分析，但有时候terms实在太...[作者空间]
目前最好用、最完整的功能注释软件是 eggnog-mapper。新版本包括基因组和功能数据库的全面更新，以及效率增...[作者空间]
数据来源表达量差异分析的表格，需要log2（foldchange）,Pvalue,FDR 上下调基因筛选，上调基因...[作者空间]
富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析，例如GO富集分析，Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素...[作者空间]
背景 生物信息中的分析流程往往需要消耗很大的内存，读写以TB计算的数据，属于典型的高性能计算(HPC)应用。生信分...[作者空间]
一、前言 事情的起因是这样的，话说在2022年11月份某一天的深夜，小杜将要做功能预测富集分析。使用的是Y叔叔的C...[作者空间]
一般富集分析都是单个组基因集，但是当有多个数据集的时候，一个一个分析比较麻烦，clusterprofile包可以实...[作者空间]
Y叔的clusterProfiler包大家都知道，enrichKEGG 函数做KEGG富集分析的时候会报如下错误：...[作者空间]
非模式物种 step1:注释把本物种的蛋白序列用diamond到eggnog数据库比对 拿到eggnog的注释结果...[作者空间]
说在前面 Immugent在之前一篇推文中：CBNplot：可视化富集通路中基因的调控关系[https://mp....[作者空间]
一、KEGG数据下载 1、先进入官网：https://www.kegg.jp/[https://www.kegg....[作者空间]
对于非模式生物或者无参考基因组的项目，经常需要进行基因的功能注释，而GO注释是基因功能注释的重要部分。有很多软件能...[作者空间]
一、介绍 KEGG[https://www.kegg.jp/kegg/] 是一个数据库资源，用于从分子水平信息，特...[作者空间]
做基因功能注释都会特别注意基因上有什么功能结构域，通常我们认为，结构域决定了这个基因的功能。随着高通量测序技术的发...[作者空间]
GO、KEGG富集分析是我们做生信分析较为常用的部分，它可以将基因与功能相联系起来。GO指的是Gene Ontol...[作者空间]
