目前最好用、最完整的功能注释软件是 eggnog-mapper。
新版本包括基因组和功能数据库的全面更新，以及效率增强和几个新功能。
从原始重叠群进行从头基因预测
成对直系同源预测
快速发现蛋白质结构域
自动化GFF修饰
网页版地址：http://eggnog-mapper.embl.de
emapper.py -i ./pep.fasta \
-o egg --itype proteins -m diamond --cpu 20 1>emapper.log 2>&1
脚本可在github上面下载
eggnog-mapper/emapper.py at master · eggnogdb/eggnog-mapper · GitHub
这里用到一个脚本进行结果统计和可视化
eggnogmapper.R egg.emapper.annotations pep.fasta
eggnog-mapper实现功能注释 eggNOG-Mapper介绍 通常功能注释的思路都是基于序列相似性找直系...
EGGNOG-MAPPER批量注释 其实使用的是一个for循环 以上为今天使用的Eggnog-mapper的记录 ...
KEGG pathway 注释整理 获得KEGG注释 通过eggnog-mapper和interproscan两个...
eggnog-mapper[https://github.com/eggnogdb/eggnog-mapper]说...
利用eggnog-mapper软件生成注释文件 准备文件：pep.fasta序列(一定是蛋白序列文件)以及eggn...
运行时，挂载移动硬盘报错；可能是TOSHIBA EXT 存在空格，导致报错
写在前面 之前介绍过使用EggNOG-mapper对非模式物种快速完成KEGG注释的推文https://mp.we...
对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注...
对于非模式物种，需要做GO或KEGG富集，可以尝试使用EGGNOG-Mapper来对你的物种序列进行快速注释。在注...
首先下载COG functional categories代码对应的功能描述信息 fun2003-2014.tab...
本文标题：基因功能注释-eggnog mapper
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/qkxykdtx.html
网友评论