GO富集分析
作者:
小qqq | 来源:发表于
2023-02-05 13:32 被阅读0次
数据来源表达量差异分析的表格，需要log2（foldchange）,Pvalue,FDR
差异基因表达分析.png
上下调基因筛选，上调基因筛选条件log2（foldchange)>=1,Pvalue<=0,05;上调基因筛选条件log2（foldchange)<=1,Pvalue<=0,05
以筛选上调基因为例
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转换基因ID，基因ID为MSU格式为：LOC_Os-Chr-g-number，RAP格式为Os-Chr-g-numbe，Uniprot ID
MSU ID转换为 Uniprot ID（PlantGSEA）；由于PlantGSEA打不开，先用RAP-DB将MSU格式为转换为RAP，再用David将RAP转换为Uniprot ID
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转换结果：点击download as txt下载结果
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GO富集分析
http://www.pantherdb.org/
分析结果
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