生物质谱法是蛋白质组学研究中最常用的方法，作为蛋白质组学研究中的扛把子，它具有高分辨率、高灵敏度、高准确度、鉴定蛋...[作者空间]
Count：高通量测序中比对到exon上的reads数。可以使用featureCounts、HTseq-count...[作者空间]
在得到我们感兴趣的基因集后，除了对其进行GO等富集分析查看与什么重要的生物学通路相关，还可以进行PPI蛋白互作网络...[作者空间]
差异分析之后，为了了解我们获取的差异基因的功能及参与的生物学进程，我们需要对差异基因进行功能富集分析。基因富集分析...[作者空间]
转录组测序的目的之一，就是探索组间显著表达变化的基因——差异表达基因。那么，如何基于转录组测序获得的定量表达值，识...[作者空间]
salmon是一款不基于比对而直接对基因进行定量的工具，适用于转录组、宏基因组等分析。其优势是： 定量时考虑到不同...[作者空间]
HTSeq作为一款可以处理高通量数据的python包，由Simon Anders, Paul Theodor Py...[作者空间]
来自SRA的转录组数据，很多文章方法描述简单，无法判断是否为链特异性数据，导致在mapping和raw reads...[作者空间]
最近使用了另一个很火的比对软件：STAR。STAR在比对速度上胜过其他比对器50多倍，在一个普通的12核服务器上，...[作者空间]
Hisat2与STAR一样，是一款比对软件。它使用了基于BWT和Ferragina-manzini (Fm) in...[作者空间]
用于执行FASTQ数据 的质量控制，支持单端和双端短读数据，作为一体化的 FASTQ预处理器，fastp提供了 诸...[作者空间]
可对fastq数据进行质量控制的软件有很多，今天我们先学习cutadapt。 安装 官方帮助文档 常用参数 我处理...[作者空间]
获得转录组数据（.fastq文件）后的第一步就是对原始数据的质量控制。 目的 质量控制的目的是全面查看原始数据的质...[作者空间]
转录组分析总体流程如图所示，主要分为上游分析（原始数据质量控制、比对、组装、定量），下游分析（差异分析、富集分析）...[作者空间]
转录组数据分析前还有许多要注意的事情，这些细节往往决定了数据分析的准确性及可信性。现在此一一列出，以供参考，详细解...[作者空间]
进行转录组分析前，需准备好参考基因组文件。医学研究中应用最多的就是人类、大鼠、小鼠。本文以这三种为主进行介绍。 参...[作者空间]
SRA数据下载 近期下载SRA数据，应用linux子系统下载极其不顺利。果断放弃，下面介绍两种亲测好用的办法。 方...[作者空间]
近期尝试并学习docker，同时为了满足后期分析数据的需求，于是开始探索在个人PC上搭建生信分析环境。 先说一下我...[作者空间]
