差异分析之后，为了了解我们获取的差异基因的功能及参与的生物学进程，我们需要对差异基因进行功能富集分析。
基因富集分析（gene set enrichment analysis）是在一组基因或蛋白中找到一类过表达的基因或蛋白。研究方法可分为三种：Over-Repressentation Analysis(ORA)，Functional Class Scoring(FCS)和Pathway Topology。ORA是目前应用最多的方法，GO富集分析和KEGG富集分析就是使用的这种方法；FCS这种方法应用于GSEA分析。
功能分析（functional analysis）/ 通路分析（pathway analysis）是将一堆基因按照基因的功能/通路来进行分类。换句话说，就是把一个基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，并和生物学表型关联起来。GO分析是将基因分门别类放入一个个功能类群，而pathway则是将基因一个个具体放到代谢网络中的指定位置。
为了解决将基因按照功能进行分类的问题，科学家们开发了很多基因功能注释数据库。这其中比较有名的就是Gene Ontology（基因本体论，GO）和Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（京都基因与基因组百科全书，KEGG）。
实现富集分析的方法有很多，有许多数据库都可以进行，比如DAVID、KOBAS、Metascape等。但今天我们先学习如何使用R语言中的clusterProfiler进行功能富集分析。

安装

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("clusterProfiler")

使用

输入数据

KEGG富集分析

library("clusterProfiler")
rt=read.table("id.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)
rt=rt[is.na(rt[,"entrezID"])==F,]

geneFC=rt$logFC
gene=rt$entrezID
names(geneFC)=gene

#kegg富集分析
kk <- enrichKEGG(gene = gene, organism = "hsa", pvalueCutoff = 2, qvalueCutoff = 2)
write.table(kk,file="KEGG.txt",sep="\t",quote=F,row.names = F)

#条形图
tiff(file="barplot.tiff",width = 25,height = 25,units ="cm",compression="lzw",bg="white",res=300)
barplot(kk, drop = TRUE, showCategory = 20, main="30min")
dev.off()

#点图
tiff(file="dotplot.tiff",width = 27,height = 25,units ="cm",compression="lzw",bg="white",res=300)
dotplot(kk)
dev.off()

#绘制通路图
library("pathview")
keggxls=read.table("chosen.txt",sep="\t",header=T)
for(i in keggxls$ID){
  pv.out <- pathview(gene.data = geneFC, pathway.id = i, species = "hsa", out.suffix = "pathview")
}

结果说明

条形图

横轴为基因个数，纵轴为富集到的KEGG Terms的描述信息。颜色对应p.adjust值，红色p值小，蓝色p值大。

点图

横轴为GeneRatio，代表该KEGG term下富集到的基因个数占列表基因总数的比例。纵轴为富集到的KEGG Terms的描述信息。

通路图

这个通路图可以说是KEGG分析的精华，具体该如何看，详细见下面的图例

GO富集分析

setwd("J:\\Bioinformatics\\R\\76Autophagy\\11.GO")                   
rt=read.table("id.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)   
rt=rt[is.na(rt[,"entrezID"])==F,]                                 
gene=rt$entrezID

#GO富集分析
kk <- enrichGO(gene = gene,
               OrgDb = org.Hs.eg.db, 
               pvalueCutoff =0.05, 
               qvalueCutoff = 0.05,
               ont="all",
               readable =T)
write.table(kk,file="GO.txt",sep="\t",quote=F,row.names = F)                 

#绘制条形图
pdf(file="barplot.pdf",width = 15,height = 12)
barplot(kk, drop = TRUE, showCategory =10,split="ONTOLOGY") + facet_grid(ONTOLOGY~., scale='free')
dev.off()

#绘制点图
pdf(file="bubble.pdf",width = 15,height = 12)
dotplot(kk,showCategory = 10,split="ONTOLOGY") + facet_grid(ONTOLOGY~., scale='free')
dev.off()

结果说明

条形图

图例与KEGG相同，只不过针对每一个GO分类进行了分类展示。

点图

此外对于富集分析的可视化形式还有很多，比如GO富集中的有向无环图，GO term的Enrichment Map，热图及upset图等。