在RNA-seq或芯片数据下游分析中经常遇到需要将基因表达矩阵行名的ensembl_id ( gene_id ) ...[作者空间]
在RNAseq的下游分析中，一般都会将上游处理完得到的原始counts数转变为FPKM/RPKM或是TPM来进行后...[作者空间]
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly expla...[作者空间]
最近看了一个文章，里面有一段概述了WGCNA，分享给大家，希望对大家有所帮助 原文：Das S , Meher P...[作者空间]
闲言碎语 从今天开始转录组学习进入正题啦。要重现的文章是 RNA-Seq Transcriptome Profil...[作者空间]
从开始学习转录组分析，都是按照网上的教程别人的数据一步一步的跑，只要是严格按照教程上来，基本都不会出现错误。在...[作者空间]
一：前言 在生信的分析学习过程中，对结果的可视化是非常重要的，在很多生信文章常见的就是热图，PCA等图。但是在画图...[作者空间]
之前写过一篇文章Fastq-dump: 一个神奇的软件， 详细介绍了fastq-dump的用法。虽然fastq-d...[作者空间]
RNA-Seq差异表达分析-扩展综述及新工具 理解不同生物在不同条件下表型差异的关键是确定不同条件下差异表达基因(...[作者空间]
A survey of best practices for RNA-seq data analysis RNA-...[作者空间]
通过阅读Trinity的源码，学习Trinity的运行过程以及使用的算法，写这篇博客的时候已经阅读Trinity的...[作者空间]
Trinity作为一款经典的转录组组装软件，在众多的转录组组装软件中认可度应该是最高的，而且版本一直在更新，现在已...[作者空间]
任务 差异基因分析这个步骤推荐在R里面做，载入表达矩阵，然后设置好分组信息，统一用DEseq2进行差异分析，当然也...[作者空间]
作业要求 实现这个功能的软件也很多，还是烦请大家先自己搜索几个教程，入门请统一用htseq-count，对每个样本...[作者空间]
任务 比对软件很多，首先大家去收集一下，因为我们是带大家入门，请统一用hisat2，并且搞懂它的用法。 直接去hi...[作者空间]
作业要求 在UCSC下载hg19参考基因组，从gencode数据库下载基因注释文件，并且用IGV去查看你感兴趣的基...[作者空间]
