1.由来 近期由于工作需要，有大批的芯片数据等着我分析。我想着简化一下代码，一步到位出来差异分析结果。配合练习写R...[作者空间]
Chord Diagram弦状图-用来画富集分析的结果 前面看的文献中，有一个很漂亮的圈图，https://mp....[作者空间]
0.背景知识 参考地址：https://bioconductor.org/help/course-material...[作者空间]
前情提要 ggplot2不能截断纵坐标肿么办讲了几种截断方法，各有长短，我在这篇文章发出去后收到两个反馈，特来与大...[作者空间]
表达芯片数据处理教程，早在2016年我就系统性整理了发布在生信菜鸟团博客：http://www.bio-info-...[作者空间]
学徒数据挖掘专场第二期 目录如下： 热图、韦恩图、GO富集分析图 纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度...[作者空间]
第一批学徒已经出师，他们的作业如下： TP53突变型和TP53野生型BRCA病人的差异分析结果 https://m...[作者空间]
关于批量相关性分析，我们发过两个帖子。单基因批量相关性分析的妙用又是神器！基于单基因批量相关性分析的GSEA 两两...[作者空间]
这是个导航帖，可以有效解决芯片分析的大部分问题。内容抵得上一个GEO的培训班。 首先用20%的精力解决80%的分析...[作者空间]
要玩图，离不开哈德雷大神的《R数据科学》，第1章和21章是专门讲图的，我写过对应的笔记：https://www.j...[作者空间]
一次完全失败的尝试COMPLETE FAILURE 以 HTML table 形式呈现芯片数据的好处是可以加上各个...[作者空间]
Annotation for microarrays Gentleman R (2019). annotate: ...[作者空间]
芯片分析里面有一个比较困难的地方就是探针的注释，其实我们之前的帖子已经把各种不同的情况解决的差不多该了。除了使用R...[作者空间]
网速慢的原因找到了 R 与 BioMart 数据库的语言接口 (interface) Durinck S, Spe...[作者空间]
通过exprs函数获取表达矩阵后我们可以通过以下三种方法判断是否需要进行log2转换 1.肉眼识别 最简单粗暴的方...[作者空间]
这是我听B站—鲮鱼不会飞视频（R语言相关内容补充）里的笔记哦~ 先读入我们的数据 参数解读： 使用read.tab...[作者空间]
先运行一段小的代码 一些数据格式的说明 dna_segs： （name，start，end，strand这四项是必...[作者空间]
首先安装软件 先安装conda，使用清华的conda，说明书：https://mirrors.tuna.tsing...[作者空间]
这个包很久以前我就给它写过教程(点击阅读)，但是排版不好，可读性很差，所以我用R Markdown重新来一个。 当...[作者空间]
