学习使用GROMACS已经很久了，但是一直停留在很初级的应用上面，对高级技巧并不了解。就连做生物体系几乎必做的MM...[作者空间]
Packmol是分子模拟中最常用的搭建初始构型的软件。轻便、快捷的特性使其在诸多建模软件中脱颖而出。不过近日在Wi...[作者空间]
翻译自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED...[作者空间]
CGenFF程序可以直接生成Charmm力场的分子拓扑文件，但使用较为复杂，特此记录一下。 CGenFF 网站CG...[作者空间]
长期更新 2018.10.29 Q: gmx genion命令：往溶剂中添加离子时报错："No line with...[作者空间]
by Daniel R. Rose原文地址 从分子动力学模拟中确定结构布居(structure populatio...[作者空间]
在我们MD中我们有时候很少进行水模型的选择，很多时候我们对于不要求精确的体系使用spc水模型，对于相对要求精确的模...[作者空间]
原文：James (Wes) Barnett翻译：谷歌/康文渊-湖南大学 在本教程中，我将向您展示如何在一个盒子的...[作者空间]
原文：James (Wes) Barnett翻译：谷歌/康文渊-湖南大学 在本入门教程中，我将向您展示如何创建一个...[作者空间]
GROMACS分子动力学模拟计算过程中，常需设置二维的周期化条件与冻结组，下面简要介绍一下这两种设置的实现与注意事...[作者空间]
转载请联系，且保留链接 使用这个代码需要蛋白具有长的柔性尾，在晶体结构中是缺失的，生物化学证据表明已知结合伴侣上尾...[作者空间]
PyRosetta是一个Python为基础的Rosetta交互套件。其打开了用户自定义的利用Rosetta采样方法...[作者空间]
转载请联系，且保留链接 PLUMED是许多分子动力学模拟包的插件，主要能进行MD的增强采样或者执行非常多的自由能计...[作者空间]
可能很多人喜欢用pymol，其实我认为Chimera是一个更加强大的可视化软件，只是不容易上手，可能不符合国人使用...[作者空间]
大家都知道chimera的核酸绘图功能非常强大，一般大家理解的pymol核酸绘图功能就显得薄弱了，但是今天在看py...[作者空间]
Ray ray将会创建一个现在的框架图像的渲染（ray-traced）图像。我们平常使用pymol的时候可能就是直...[作者空间]
此文感谢建民兄的指导，才让我学习到这么有用的工具 起因 有许多软件例如Dock 6.8，对于小分子的柔性对接支持并...[作者空间]
最近遇到了两次需要初略估计蛋白长宽高的情况，其实这个非常简单，在pdb中查看卡迪尔坐标然后排序即可。这里和大家分享...[作者空间]
Pharmmapper算是一个非常知名的由华东理工大学开发与维护的药效团匹配与潜在识别靶标平台，开始以为对自己的课...[作者空间]
