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Packmol安装时make错误

Packmol安装时make错误

作者: Lewisbase | 来源:发表于2019-07-30 16:30 被阅读3次

Packmol是分子模拟中最常用的搭建初始构型的软件。轻便、快捷的特性使其在诸多建模软件中脱颖而出。不过近日在Win10的Linux子系统中安装Packmol时遇到了之前从未遇到的报错。因为自己对Fortran一窍不通,此处先把错误与解决方法记录一下,方便日后研究。

按照标准的安装流程:解压,./configuremake。但是在make过程中报错,错误信息如下:

random.f90:32:23:
    call random_seed(put=seed)
                   1
Error: Size of ‘put’ argument of ‘random_seed’ intrinsic at (1) too small (12/33)
Makefile:182: recipe for target 'random.o' failed
make: *** [random.o] Error 1

额...似乎是随机数种子的问题,上网搜索了一下,在StackOverflow上找到一个回答。原来在Fortran中put的值要大于等于size,答主还提供了一段检测系统size的程序:

program seed_test

    implicit none
    integer n

    n = 0

    call random_seed(size=n)
    write(*,*) 'n = ', n
end program seed_test

编译运行便可输出自己电脑中的size数值:

$ gfortran -o seed_test seed_test.f90
$ ./seed_test
n =           12
$

我这里是33,好吧,其实在报错信息里已经告诉我了。报错信息指出错误发生在random.f90文件中第32行23列,打开文件发现附近内容为:

subroutine init_random_number(iseed)
    integer :: i, seed(12), iseed
    do i = 1, 12
        seed(i) = i*iseed
    end do
    call random_seed(put=seed)
    return
end subroutine init_random_number 

这两个12应该就是问题所在了,修改为33,make,安装成功。

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